上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已展现出多的怪物化学活化，包扩抗癌症和抗病力毒效果。通畅，三萜是能够甲羟戊酸路径合成视频的，并从天然水常绿植物和白色念珠菌中提炼。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上投稿了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探讨文献。该探讨看见三萜类有机化合物虫草粉酸（GA）是采用固态培养教育的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学制品被转化呈现的。采用转录组和球核蛋白组学技巧进一部思考无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT呈现2种野生野生灵芝酸（GA）的机理，并不同几组学技巧检查测量到的不同之处表观遗传和不同之处球核蛋白，推算DHT 生态学制品生成 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和技能定义

在对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体使用转录组测序共受到67230个转录本和14299个单DNA遗传。在以上单DNA遗传中，492被检测为差距体现DNA遗传（DEGs），这之中213个体现调涨，279个体现降低（图1A）。GO含有分享后，DEGs涵盖生物体时（BP）、細胞化学成分（CC）和分子式基本功能（MF）3类。在BP分类中，有了前两个子分类：抗菌素分离消化吸收时，冰醋酸盐消化吸收时和甲酸盐消化吸收时;而在CC分类中，細胞外区、突触包覆体、突触构造是前两个亚类。而言MF分类，甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶、防氧化替换酶几丁质酶和酸氨（或酰胺）连入酶几丁质酶是前两个亚分类（图1B）。在DEGs的KEGG径路分享中，前30条含有度最好的径路中含27条隶属于消化吸收，这之中二氧化氮消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收表现径路显著性含有（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和功能模块归类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

利用对无柄灵芝粉白色念珠菌菌丝体做球胆固醇组学了解，总计有认定了16,457种与众不同肽、2606种球胆固醇和2588种参考值球胆固醇。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的需求环境下，在那2606种球胆固醇中，94种被技术鉴定为之间的关系描述球血清（DEPs），至少52种上涨，42种下跌（图2A），图2C展示了之间的关系描述球血清的聚类算法了解热图。从GO了解来讲，BP类展示，基本上都数DEPs参与活动醋酸钠盐具体深入分析一下的基础分泌进程、抗菌素具体深入分析一下的具体深入分析一下的基础分泌进程和口服药具体深入分析一下的具体深入分析一下的基础分泌进程。CC类DEPs在组织肿瘤细胞核膜外区、过空气氧化的物酶体和微体中平均水平非常高，空气氧化的恢复酶怪物技术和甲酸脱氢酶（NAD）怪物技术在MF类中DEPs的比列非常高（图2B）。与转录组最终结果形似，KEGG径路了解展示，无数DEPs在具体深入分析一下的基础分泌中怪物技术怪物技术富集，至少3条最怪物技术怪物技术富集的行业是光合怪物技术中的碳调整、碳具体深入分析一下的基础分泌和MAPK卫星信号径路（图2D）。显然，利用了解GOsql数据库的CC对DEPs做亚组织肿瘤细胞核膜深入分析了解和注解（图2E），DEPs关键区域在组织肿瘤细胞核膜质（40.66%）、组织肿瘤细胞核膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），的理论上是GAs怪物技术合成视频的关键所在位置。

图2|淀粉酶质组的定量浅析浅析和特点核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物转变成和对比组得票数DEGs和DEPs加工制作了维恩图，有20个差距表达出方式什么是基因遗传组（图3A）。对转录组和核核苷酸组中E组和C组公有的DEGs/DEPs来进行聚类解析解析，看见mRNA和核核苷酸两者之中有14个调整什么是基因遗传组和4个调低什么是基因遗传组，DEGs各自反译的DEPs表达出方式水准呈正关联，依托于Pearson的关联公式解析，在转录组和核核苷酸组两者之中查重到相比较较高的关联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）加测結果表现，E组和C组1一DEGs的把你想表达出来方法横向区别有效，中间9个为上涨DEGs，8个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的把你想表达出来方法趋向与转录混合物析結果不一。

图3|营养物质质组的按量剖析和功效证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

拜谱生物:「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）