在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

实验报告

1、从光敏培养计划受损细胞中转化成DNA化学交联高蛋白质

成了区分光交连血清质-DNA塑料物在LC-MS数据阐述，作著定制开发了一大种退行纯化计划，可从DNA中我们要就算说交连血清质，仅在阳光照射时可以能够 就直接脱色体组接触性生物富集DNA交连血清质。用TRIZOL转化成脱色质并我们要除被抓获的非交连血清，第二步将其自己融化以去RNase化解。可以能够 超声波剪接所得额血清质交连DNA的转化成物，在硫氰酸胍中烧开退行，并在二空气氧化硅离心力柱上阵发性洗條以我们要就算说交连血清质难寻完全。可以能够 核酸酶处里从DNA中移除光交连血清，并去胰血清酶化解在LC-MS数据阐述。该技术取名为血清质交连DNA转化成或XDNAX。

图1.氨基酸质化学交联DNA生成或XDNAX程序步骤（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可马上接觸DNA的核高蛋白图谱

将光交连技术广泛应用于MCF7组织细胞核，出现了1,805种侯选人蛋清，这里面1,191种出现于3个或非常多次连续中。60%的DNA之间的功效组配有核酸整合的GO注音，在欠缺核酸整合注音的蛋清质中，非常大的奉献原于核纤层蛋清，然后是进行复染质团体和组织细胞核裂开的蛋清质（图2）。

图2 . 可可以直接相处 DNA 的球蛋白质含量（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总的了DNA完美用组所隐藏的蛋清质-DNA菜单栏名词解释含有的核苷酸化学交联肽。这主要包括因为（1）球状DNA依照架构域、（2）DNA 依照周期性区（IDR）和（3）因为与其它蛋清质（举个例子组蛋清依照蛋清）、RNA（举个例子剪接系数）或相剥离 区室（举个例子核仁蛋清）完美用而会导致的环镜取决于。

图3 . 可随便接觸 DNA的构成域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、化学发光法癌细胞扰动时间与DNA融合的转录要素

雌生长激素类药多巴胺受体α（ESR1）驻放在胞质溶胶中，也许有一天遇上其配体，勾起易位到癌人体内部，在哪里有它与染色体组中的指定区域中区域中相结合以促活指定区域中的转录程序流程。将血清饥饿的MCF7癌人体内部表露于高的用药量雌生长激素类药（10 nM 17β-雌二醇）4五多分钟，与仿真模拟清理的参考癌人体内部相比它们的的DNA互不做用组（图4A）。中仅，雌生长激素类药激励后DNA互不做用组中的ESR1增强了30倍（图4B）。总的当今社会，在1,814个化学发光法的血清质-DNA互不做用中，约有9%显示信息出小于2倍的有明显变化规律，并通过观察到与ESR1极具互不做用的血清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌雄激素治理乳腺炎癌内部 DNA 能够 的作用组的酶联免疫法是比较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结ppt

深入分析渗入表观遗传组的核核苷酸以询问它是该怎样被导出并付诸实际操作的，不停是成果转化工作人员一太久的追随。表观遗传组可及性主要以DNA为主的坡度实施深入分析，可是，到阶段就要，复染质凝露中的有哪些核核苷酸与DNA 引发物理性之间用处尚不模糊。应用零路程光化学交联，可发展DNA之间用处组中的基本上是数核核苷酸，XDNAX的技术将当做核核苷酸-DNA之间用处深入分析的很强交通工具。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的氨基酸质组学、体现组学、新陈代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

借鉴专著：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.